综上可知，要编制科学、实用、操作性强、应用性广的自然资源资产负债表，承担生态文明制度体系建设中的纽带职责，保证改革措施落地生根，就必须以壮士断腕的决心和信心，大胆改革，突破现有体制、机制、技术、思维的障碍，进行科学的顶层设计。其总体思路是：站在生态文明建设的高度，以创新驱动为动力，充分发挥政府和市场的作用，从自然资源资产管理体制机制、自然资源资产核算体系和信息资源共享平台体系以及编制国家资产负债表、绿色国民经济核算与编制自然资源资产负债表协同创新攻关机制三个维度，构建全方位、多层次的政府主导、监管者主责、职能部门保障、经营者支撑、社会监督的编制自然资源资产负债表高效运行机制和良治生态体系（如图1）。
　　在这一运行机制中，构建高效的自然资源资产管理体制机制是前提和保障，建立自然资源资产核算体系和信息资源共享平台体系是基础，建设三方协同创新攻关机制是关键，三者相互促进、相互补充、缺一不可，通过他们之间的有效衔接、深度融合，最终编制科学、实用、操作性强和应用性广的自然资源资产负债表。
　　（二）保障机制
　　1.拆藩篱，提效率，建立高效的自然资源管理体制机制
　　建立高效的自然资源管理体制机制，必须在中央和地方分别成立自然资源资产改革领导组，大胆改革和创新自然资源资产管理体制机制。
　　（1）拆除利益藩篱，厘清部门职责，调整部门职能，提高运行效率
　　按照十八届三中全会“一件事由一个部门管理的原则”要求，用构建大部委的思维，拆除部门利益藩篱，厘清部门的责职，重新核准部门职能。随着部门职责的调整和变化，需要撤销、合并的部门必须撤销、合并，彻底打破部门之间“壁垒”，真正做到一种自然资源只有一个部门管理，部门之间职责清晰、运行高效，杜绝自然资源管理职能重叠、交叉以及政出多门现象的发生，为强化自然资源管理，编制自然资源资产负债表提供保障。
　　（2）建立全国统一、独立的自然资源监管部门
　　为构建高效的自然资源资产管理体制，践行山水林田湖是一个生命共同体的理念，必须建立全国统一、独立的自然资源监管部门，对国土空间所有自然资源资产进行统一监管。该部门的主要职责就是对全国自然资源在实行确权登记的基础上，编制自然资源资产负债表，以此为依据编制全国国土规划纲要，实施国土空间用途管制，保证自然资源资产的高效利用、科学开发，保护生态系统平衡。同时制定自然资源资产市场交易规则，对所有自然资源资产的各种市场交易活动进行监督、管理。
　　2.加快环境会计建设，建立统一的自然资源资产核算体系
　　全国人大环资委调研室主任王凤春强调“自然资源资产综合考量的首要任务是建立一套自然资源的核算体系”，而通过账户对自然资源资产进行核算必须由环境会计来完成，所以，自然资源资产会计核算体系的建立过程就是环境会计不断发展、完善的过程。当前，我国对环境会计的研究和应用远远不能满足编制自然资源资产负债表的需要，必须打破常规的会计核算理念，从环境会计的微观和宏观两个层次以及环境财务会计、环境管理会计、环境审计三个方面，与时俱进，大胆创新。

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