高校企业在其财务管理方面还存在着产权不明晰, 企业体制不规范、会计信息沟通不顺畅、缺乏内部审计监督等诸多问题,因此必须深入分析高校企业财务管理中存在的问题及其产生的根本原因，提出了理顺校企产权关系、建立科学、合理的激励约束机制、健全高校企业内部的监督约束评价机制等相应的应对措施，促进高校企业可持续的发展。
一、高校企业财务管理中存在的问题主要有以下几个方面
1.高校财务管理缺乏系统的控制监督机制
对于高等学校而言，国家对其投资，但不对其进行财务管理，造成投资的所有者缺位；高校管理者独立行使法人权力，但不承担具体的受托责任，导致资源缺乏有效的管理和监督。财务管理的弹性相当大，在很大程度上弱化了高校企业财务管理的功能。多数高校企业未建立起一套科学、完善的财务管理制度和体系,致使会计人员建账、记账不规范,账账不符、账实不符等。
2.高校企业财务管理手段落后缺乏系统的评价体系
高校企业财务会计长期以来忽视财务分析，没有研究数据间的内在联系，财务管理缺乏经验分析数据。因此，在高校企业财务管理实践中，要么不知道如何评价财务活动而放弃财务管理，要么不知道财务状况的好坏而造成财务控制不力，严重影响了高校企业财务管理水平的提高。表现在资金利用方面,往往缺少必要的分析和监督，未能建立有效的事中控制、事后分析的财务管理体系,资金综合利用率低。
3.高校企业财务监督机制落后缺乏风险意识
高校企业的审计监督弱化，没有充分发挥应有的监督作用，归根结底在于学校未对企业建立起一套科学、合理的监督机制。如高校企业在内控制度的制定方面,通常是制度流于形式，尤其是在会计岗位相互牵连的职责分离、对企业重要资产如存货的进、销、存的流程管理、应收账款管理等方面普遍存在着执行力度较差和疏于管理等诸多问题。
4.缺乏合理、完善的激励机制
学校作为企业的所有者，主要以事业管理模式管理企业，在管理方式上带有行政计划色彩。企业管理者由学校委派，“教企”不分，来自校内的教学、科研、管理岗位，有事业和企业双重身份。承包制是高校科技企业比较有代表性的经营方式，年初企业与学校签订承包合同，作为企业的年度经营目标，而承包合同是考核企业及其管理者经营业绩的重要依据。基于调动积极性的需要，校方赋予企业管理者一定的生产经营自主权，但重要事项的决策权一般仍然集中在学校。企业管理者的薪酬制度实行传统的工资加奖金形式。管理者的行政化，不利于形成职业经营管理者队伍。
二、对于如何提高高校企业财务管理，加强内部审计监督提出如下建议
1.建立科学的高校科技产业管理体制，建立高校企业经营管理公司，代表学校行使股东的权利
高校科技产业管理体制是高校科技产业在学校事业体制内，寻求建立企业体制的模式与制度规范，从而规定科技产业与学校、社会之间的法律地位与相互关系,确定校办产业各经济实体和产业管理部门的权利划分与隶属关系，并在一定决策与管理层次上，协调与解决校内事业体制与企业体制之间的相互关系、相互支持和相互制约过程中生产关系与体制摩擦问题。
由学校组建资产经营公司，学校组建资产经营公司或独资有限公司，代表学校管理校办企业，赋予产业一个富有活力的经营机制、市场机制、管理机制和竞争机制，从而为科技产业的运行，创造宽松条件与开拓活力源泉。高校科技产业管理体制的核心是领导体制的确立和高层决策、管理机构的组建与授权。高校科技产业管理体制，要求在处理学校事业部门与企业系统之间的相互关系时，坚持事业单位按照事业体制的组织、领导、制度、机制和权责关系进行管理，对科技产业的管理部门和各产业之间的关系，则按照企业的体制与机制，进行组织、授权和管理。如依法对所投资企业派出人员参加股东会、董事会、监事会，加强对所投资企业的管理，如参与校办企业负责人的选拔任用、企业重大事项的管理和资产保值、增值考核办法制订等。这样在高校和企业之间构筑起一道有效的“防火墙”，有利于企业的长远发展。
2.建立健全学校作为投资主体参与企业重大财务决策的制度
高校作为校企投资主体，拥有参与重大决策、收益分配、考核和选择经营者等权利。学校应当建立健全作为投资主体参与企业重大财务决策的制度。
严格控制下属公司投资权，防止集团公司的投资权分散；投资活动必须符合国家企业政策和高校企业发展战略；由于高校所拥有的经营性资产是有限的，因此在资金投放前必须认真调研，进行科学的项目评估和论证。
3.建立科学、合理的激励约束机制
包括如下具体措施：第一是建立国有资产保值增值责任制；第二是加大对科技人员分配的激励制度；第三是对于校办企业中的股份制企业、上市公司，可建立股票期权制度、员工持股制度等激励措施。
4.建立有效的监督机制，规避学校投资风险
学校应加强审计监督力度，利用高校内部审计部门和社会中介机构，定期对校办企业的财务状况、经营成果，以及国有资产保值增值等方面进行审计；对派出的校办企业负责人进行任期经济责任审计，即对责任人任职期间的财务收支的真实性、财产安全性、经济效益情况、财经纪律遵守情况进行全面审计，使财务收支真实、合法审计与绩效审计相结合，绩效审计和公司内部控制制度的评估相结合，揭露问题与促进整改相结合，组织实施对公司内部控制制度的评估；投资审计与专项审计调查，一开始建设就介入，实施全过程跟踪审计，以发现有无违法违规问题为突破口，以评价项目综合效益为成果。从而建立有效的监督机制，建立和完善企业内部效绩评价制度，规避学校投资风险。
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