3.5.1 MySQL的安装和设置
MySQL是开放源码的结构化查询语言关系型数据库，它不但体积小、速度快、总体拥有成本低，而且支持多种操作系统、为多种编程语言提供了API、支持多线程、支持多种存储引擎。既能够作为一个单独的应用程序应用在客户端服务器网络环境中，也能够作为一个库而嵌入到其他的软件中。符合基因组工程“开放”和“免费共享”的精神，同时也由于其快速、强大的字符串操作能力和对超大数据量的支持，很适合生物信息处理领域。
操作系统自带的MySQL数据库版本可能较低，BioSQL不建议使用太低的MySQL版本，所以在设计数据库时建议卸载系统中的原有MySQL数据库，安装最新版的MySQL 数据库。
BioSQL是非常大的数据库，有些非常大的序列记录超过MySQL的一些默认设置，这就需要在第一次启动MySQL之前，给MySQL的全局配置文件中的“max_allowed_packet”设置一个不小于10M的值。
3.5.2 BioSQL接口模块的安装
在构建BioSQL前，需要使用perl脚本操作数据库，需要的两个接口文件：DBI—perl通用数据库接口和DBD：：MySQL—Perl MySQL数据库驱动程序模块。由于模块间的依赖关系，这两个接口的安装是有先后顺序的，先安装DBI在安装DBD。
安装DBI前先确定操作系统是否安装gcc编译器，否则在执行编译命令时，会出现警告信息。安装DBD：：MySQL模块时需要注意的是先设置MySQL的环境变量再进行模块安装。
3.5.3 BioPerl，BioPerldb等模块的准备和安装
通过CPAN安装BioPerl，BioPerldb等模块。在使用CPAN前需要对其进行相应的配置，配置前需要确保联网，并取得root权限。
在安装各种模块之前，先更新CPAN Module，而不是直接装模块，否则会遇到“undefined subroutine &Digest：：base：：new”之类的错误。进入CPAN的shell运行cpan> install Module：：Build，这一步是关键。因为这样可以得到最近更新的CPAN.pm文本并且让所有的模块都依附于它，所有的命令模块包将进入一个自动安装过程。
装好新的CPAN Module，先退出，然后安装Module：：Build模块。因为Module：：Build打包出来的模块安装时必须要先安装Module：：Build。安装BioPerl，BioPerldb等模块时，在install命令前使用force，因为在安装的过程中，会出现一些test出现错误，如果这些错误不会影响程序的使用可以强制安装而忽略安装过程中的测试错误。如果安装BioPerl-DB时DBI和DBD模块不能被发现，那么安装会失败。
3.5.4 BioSQL数据库基本结构的定义
定义BioSQL数据库的基本结构，使用source命令读取sql/biosqldb-mysql.sql中的定义表结构的SQL语句，若MySQL服务器版本是5.5会出现“ERROR 1064 （42000）： You have an error in your SQL syntax； check the manual that...”等信息，这是因为MySQL5.5版本的默认存储引擎更改为InnoDB，说明数据类型错误，把biosqldb-mysql.sql文件中的所有“TYPE”替换成“engine”。当看到biosql数据库中已生成28张表时，说明BioSQL数据库的基本结构已经定义好了。
4 导入分类数据
4.1导入NCBI taxonomy物种分类体系
在将各种序列数据导入数据库之前，先将NCBI的物种分类数据库导入，可对后续的数据处理工作提供便利。利用biosql-1.0.1中自带的perl脚本load_ncbi_taxonomy.pl，设置perl命令的–download参数从网上下载并导入数据库，这个过程大约需要7个小时。如果把taxonomy文件从该网站下载到本地，再进行导入，运行时间会大大缩短，此时还要注意，/tmp目录的空间是否充足，否则会现运行错误。
4.2导入gene ontology文件数据
由于GenBank及Fasta这两种最常用的格式sequence记录中都没有包含ontology这一部分信息，将这样的数据导入重新构建的生物二次数据库，由于序列数据的来源不同，可能会存在数据冗余或者其他相关问题，所以必须从其他途径将ontology一部分内容导入BioSQL数据库，使得新构建的数据库更加规范化。利用BioPerl-DB安装包中自带的perl脚本load_ontology.pl，把在ontology的FTP站点上下载的gene_ontology.1_2.obo文件导入库，此时要注意-safe –noobsolete参数不可缺少，否则加载本体生物过程时会出错。
导入完成后，会发现biosql库中原本空着的ontology表中已有数据。查询结果如下：
5 导入生物数据
根据实验需求，建立一个能够处理特色生物信息的二次数据库。从ftp：//ftp.ebi.ae.uk/pub/datbaases/embl/下载EMBL发布的特定物种的生物信息数据包，下载到本地解压缩后，利用BioPerl-DB安装包中自带的perl脚本load_seqdatabase.pl完成GenBank格式数据的导入。导入基本数据后，剩下的工作就是随时将发布在一次数据库中相关的新数据导入二次数据库中。
6 结束语
通过上述生物二次数据库的构建，生物信息使用者不仅可以搜集并下载网络中的特定物种的信息数据，而且还可以对搜集到的数据进行格式转换。在已构建二次数据库的基础上可以根据生物信息序列对比和统计分析等需要，进行数据筛选和数据处理。
期刊库（http://www.zgqkk.com），是一个专门从事期刊推广、投稿辅导的网站。
本站提供如何投稿辅导，寻求投稿辅导合作，快速投稿辅导，投稿辅导格式指导等解决方案：省级投稿辅导/国家级投稿辅导/核心期刊投稿辅导//职称投稿辅导。
【免责声明】本文仅代表作者本人观点，与投稿辅导_期刊发表_中国期刊库专业期刊网站无关。投稿辅导_期刊发表_中国期刊库专业期刊网站站对文中陈述、观点判断保持中立，不对所包含内容的准确性、可靠性或完整性提供任何明示或暗示的保证。请读者仅作参考，并请自行承担全部责任。
646779424(普刊)
913775405(普刊)
867306987(核心)
271374912(核心)
