基于Web的化学化工数据事实型数据库评析(2)
网格显示的结构检索结果(见图3)让人一目了然,可以看到662个物质满足检索要求。但仔细查看就会发现许多包含蒽结构的物质也在其中。可选择结构完全一致的、无特殊电价、无特殊结构的稠环芳烃化合物蒽,有7 000多篇文献报道了有关蒽的各种性质和反应。
点击进入查看详细信息就会发现,在Reaxys数据库中,化合物蒽的各种性质,数据整理非常详尽,仅物理性质一项中就含有71个子项,有关热力学、动力学、电学、磁学、光学、晶体学、生物学等等许多方面,不同条件下的不同结果都在列表中显示,每一结果的来源文献信息也一一对应。
在光谱信息中,显示了包括核四级共振谱、荧光光谱、磷光光谱、拉曼光谱等在内的12种光谱性质。每一种光谱都以列表的形式显示了具体详尽的特征峰位置所在。对于Reaxys的工作人员来说,这些数据的加工是非常细致、深度而专业化的;对于化学化工领域的专业研究人员来说,这些数据都可以直接使用,不需要再去查看原文的相应信息。
2.3.2实例之二:硫酸
对于硫酸的检索,可以利用从名称生成结构(Generate structure from name)的功能,输入硫酸的分子式、国际化工标识符、化学物质登记号或化学名称来检索。如果选择分子式的入口,则需要排除同分异构体的情况,以及包含该结构的情况。检索结果显示,该数据库中硫酸的相关性质来自于27 000多篇专业文献。同其它物质一样,从结果中研究者可以了解到硫酸的合成信息、商品信息以及各种详尽的数据事实。
2.4SpringerMaterials
2.4.1实例之一:蒽
除了用分子式、化学物质名称等方式进行方便快捷的全文检索之外,SpringerMaterials数据库在2012年6月份新推出了结构检索的功能[5],因此现在与其它几个化学化工领域的数据事实型数据库一样,也可以在此数据库中通过绘制化合物结构实现有机物蒽的检索。从结果中可以看到在丛书中有391处涉及到蒽的各种性质,除了查看这些详细信息之外,在该数据库中还可以看到该物质动态的三维结构(见图4)。
2.4.2实例之二:硫酸
SpringerMaterials数据库web版的首页非常简洁,主要的检索界面类似于google的检索界面,左边是LB手册的主要目录。由于这是以电子书为基础数据的数据库,所以在此界面上设置了书架(Bookshelf),便于用户将自己常用的部分,直接放置在书架当中,以便经常使用。检索主页的左侧,是该套丛书的若干分组(Group),研究者可以从左侧目录直接进入某一分组(Group)的下属层级(Volumes、Subvolumes、Parts、Chapters)浏览,也可以使用主界面的搜索引擎。
在主检索界面输入硫酸的分子式H2SO4,系统会将相似化合物、衍生化合物、关联化合物或含有结晶水等不同情况的同种化合物在下拉菜单中供用户选择。这种便捷的全文检索功能,以及快速输入的方式,能为用户提供潜在搜索元素的动态列表。点击Go之后,显示出检索结果如图5所示。若使用高级检索功能,则可以对硫酸的某一性质进行限定。
检索结果将硫酸的相关性质在左侧目录各分组中显示出数量来,右侧显示出全书中具体的420个检索结果。点击进入,具体的检索结果会以PDF文件的形式或表格的形式呈现出来。
值得一提的是,SpringerMaterials数据库提供了元素周期表的检索方式,可以极大地方便合成材料工作者,在探索新材料之前对新材料的组成、结构、名称、分子式、多相相图等信息都不确定的情况下,充分了解前人所做的科学研究和科学数据。
3各数据事实型数据库的特点评析
纵观Web of Science中的化学子库、SciFinder、Reaxys、SpringerMaterials 4个基于网络的数据事实型数据库以及以上的检索实例,不难发现它们存在以下一些共性。
3.1发展历史悠久,数据来源可靠
这4个数据库都是由历史悠久而且业内非常知名的纸本参考工具书发展而来,几乎都经历了一二百年的发展历程,在计算机技术和网络技术的飞速发展下,走向基于Web的数据事实数据库。这4个数据库收录的化学化工数据事实,都来自于化学化工领域重要的期刊、图书、专利、会议录等各种专业文献。这些数据的背后都有强大的专业人士和专家团队做相关数据的整理和审核工作,它们不仅仅提供经专业人士整理好的数据事实,更将大量的、用于支持数据的原引文献信息呈现出来,为研究者进一步查找原文提供捷径。
3.2收录范围广,数据更新快
这4个数据事实的数据库,涵盖了化学化工及相关学科的各个方面,因此即便有上百年的发展历史,它们的数据更新也非常及时到位,其中更新最快的是SciFinder,每天都在更新数据,曾经有一份由CuraGen 公司提交的专利说明书,长达5 509页,包含有6 322个生物序列,是迄今为止世界上内容最多的专利文献,正式发布2天后,在SciFinder中就可找到相关的记录,30天后包括6 000多个生物序列在内的索引就已经完全做好,提供给全世界专业研究人员使用。数据更新最慢的SpringerMaterials,也能作到每季度更新。相比而言,传统的参考工具书的更新速度是远远落后于网络版数据事实数据库的。
3.3检索界面友好,提供化学结构检索功能
这4个数据库的检索界面都非常人性化,为读者提供简单易掌握的检索规则。对于化学化工相关信息的检索,它们除了提供主题、作者等常规的检索途径外,还都支持绘制化合物结构式和化学反应式进行检索(需要安装JAVA等插件),这个功能对于专业研究者来说,是非常方便有效的,易于查全和查准。此外,它们都支持分子式、化学名称等检索方式。
3.4检索功能强大,二次检索便利
在实际的检索过程中,研究者可以进行有针对性的限定,例如Web of Science中的化学结构检索,可以使用复选框指定特征描述:化合物名称、生物活性和/或分子量;化学反应可以检索的任意化学反应条件以及所需的反应关键词等。面对复杂的检索结果,研究者可以根据不同要求进行二次检索,可以随时用亚结构或子结构检索来放宽条件,或用不同的性质要求来缩小检索结果。另外,对检索结果随时进行各种聚类分析或排序处理,从中很快得到精准的数据事实。
4各数据事实型数据库的发展趋势
从以上4个数据库的简介和使用比较中,可以看到化学化工领域内的数据事实型数据库有以下发展趋势。
4.1从数据量来看,各数据库在最近十年中发展非常迅速例如Web of science中的化学子库,收录的有机物质由2006年的200万发展到现在的260万,有机反应由2006年的65万[6]发展到现在的100万;CAS REGISTRY上的有机物和无机物数量,已由2002年不到2 000万发展到现在6 000万;Beilstein和Gmelin中的有机物和无机物数量,由2002年报道的900万[7]发展到现在的1 800种。由此可见,随着科技的发展,化学化工领域的研究方兴未艾,在网络技术的支持下各大数值型数据库收录新物质和新反应的数量也成倍增长。随着新研究成果的不断涌现,各数值型数据库收录的范围还将持续快速增长。
4.2从数据库的使用设计来看,这些化学化工领域知名的数据事实型数据库在检索功能和后处理方式上不断相互取长补短,朝向以用户为中心的方向发展例如2004年Web of Science升级时增加了化学结构检索的功能。在推行基于Web的数据库版本之前,SciFinder、Reaxys还分别经历了客户端版本的阶段,这两种数据库的客户端版本,都根据各自数据库的典型特征而建,读者使用起来,更像使用一种软件,而各自的检索规则也相对更为复杂和繁琐。现在SciFinder的客户端版本已经逐步退出历史舞台;Reaxys更是于2009年展示了全新的网络版,还增加了由名称产生结构的功能。SpringerMaterials的前身则以典型的电子图书的形式推出,所能支持的检索和浏览形式非常简单,对于寻找专业数据的研究人员来说,很难从海量的信息中快速找到自己需要的数据事实。现在这个新形式的数据事实型数据库还在不断补充和完善新的功能,例如在2012年6月新推出的结构检索功能,更加方便使用者对于结构已知的物质的检索。
4.3从数据内容来看,各数据库仍然保持着特点鲜明、独树一帜的风格特点尽管各数据事实型数据库的数据数量在不断增长,检索平台设计日趋人性化,但它们仍保持并发扬各自的优势和特色所在,不盲目跟风。从上文中两个相同的检索实例在各个数据库检索过程及结果比较可以看出个数据事实型数据库各有侧重。例如Web of science数据库收录的100多种化学化工专业期刊,都是行业领域内非常有影响力的期刊,其影响因子直接反应了来源期刊和文献的科技含金量;两个化学子库中的数据库集中于有机化学领域;数据显示方式简明扼要。Scifinder数据库以其化学化工领域文献覆盖面广而全、更新快而著称,从对有机物蒽、无机物硫酸的检索结果中可以看到它在收录文献数量和数据量上,与其它事实型数据库相比有绝对优势,因为其特点在于创建了为每一种物质分配一个惟一的登记号的作法,所以全面是它的最大特色。它收录了50多种语言、180多个国家的文献,其中非英语国家的文献量占到相当比例。Reaxys数据库中数据的加工深度大,可供检索的数百个检索点都是加工对象,因此为研究者提供了非常全面而细致的数据,研究者可以不用查看原文就使用这些可靠的数据。SpringerMaterials侧重于材料方面的数据非常经典和全面,它本身的数据来源就是400多种参考工具书,因此数据值得信赖、直接可用;还可以利用元素周期表进行检索,研究者只要选择化学元素,就可以检索到不同元素组合而成的化合物的性质。对于研究合成材料的工作者来说,这一功能非常实用。
5结语
综上所述,这4个常用的数据事实型数据库,都具有数据来源历史悠久、检索功能强大、数据可靠权威,在业内颇具影响力等诸多优势,但其又各有侧重点,有的以数据全面取胜,有的以来源权威著称。化学、生物、化工、材料、环境等领域学科的研究者可以从实际科研需要出发,适当选择不同的数据库和合适的检索方式、相互配合使用,可以得到令人满意的全面翔实的数据事实信息。
参考文献
[1]Thomson Reuters.Current chemical reactions[EB/OL].http:∥thomsonreuters.com/,2012-07-10.Thomson Reuters.Important research goes far beyond the past decade[EB/OL].http:∥wokinfo.com/,2012-07-10.
[2]American Chemical Society.CAS REGISTRY Keeps Pace with Rapid Growth of Chemical Research,Registers 60 Millionth Substance[EB/OL].http:∥www.cas.org/,2012-07-13.
[3]清华大学图书馆.Reaxys(CrossFire Beilstein/Gmelin升级版本)[EB/OL].http:∥www.lib.tsinghua.edu.cn/database/reaxys.htm,2012-07-17.
[4]Springer.SpringerMaterials数据库[EB/OL].http:∥www.springer.com/,2012-07-17.
[5]Springer.whats new:Available June 30,2012[EB/OL].http:∥www.SpringerMaterials.com/,2012-07-18.
[6]关志英,郭依群.网络学术资源应用导览(科技篇)[M].北京:中国水利水电出版社,2006:349-350.
[7]任平,孙维莲,杨毅.Chem Village、CA on CD、Chemistry Server和Beilstein/Gmelin CrossFile的比较分析[J].情报科学,2003,21(5):499-505.
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