内蒙古4种白粉菌的ITS序列分析(2)
6CR产物的克隆及序列测定
CR产物的回收与纯化参照TaKaRa DNA Fragment urification Kit试剂盒说明进行,并与 pMD 8-T 载体连接转化于DH5α感受态细胞,用CR法和 XbalⅠ、Hind Ⅲ双酶切法筛选阳性克隆菌株,送大连宝生物生物技术有限公司测序。
7ITS序列的生物信息学分析
利用Clustal X程序将4种不同植物白粉病菌的ITS序列匹配排列,用MEGA 60软件对序列进行比对分析,基于kimura-2-parameter双参数模型,采用邻近距离法(N法)构建系统进化树以推演系统发生关系,同时,采用bootstrap法,经000次循环检验系统进化树的可靠性。
2结果与分析
2CR扩增结果
[2]由图、图2可见,采用真菌通用引物ITS5和ITS6作为外引物,ITS和ITS4作为内引物,对4种白粉菌基因组DNA进行扩增,均得到600 bp左右的DNA片段。测序结果表明,该片段包括了完整的核糖体内转录间隔区ITS和ITS2序列、部分8S rDNA、全部58S rDNA序列及部分28S rDNA序列。
22白粉病菌ITS序列分析和进化树的构建
将已测得的序列去掉5′和3′端的载体序列,得到4种白粉菌的ITS序列,用Clustal X软件中Alignment程序对ITS序列进行多重比对,结果由表、图3可见,4种白粉菌部分8 S rDNA、全部58 S rDNA序列和部分28 S rDNA序列非常保守,而内转录间隔区ITS和ITS2序列变化较大。基于ITS序列,利用MEGA 60对4种白粉菌进行系统发育分析和进化树的构建,由图4可见,4种白粉菌形成3个进化距离较远的大分支;寄生在豌豆(CFSZ 559)和田旋花(CFSZ7249)上的白粉菌遗传距离较小,亲缘关系较近,其ITS序列紧密聚在支;寄生在紫花苜蓿(CFSZ7253)上的托罗斯内丝白粉菌和寄生在山桃(CFSZ7257)上的三指单囊白粉菌各自成支,ITS序列分析结果与其在形态学上的分类结果相一致。
3结论
本研究对来自于内蒙古自治区不同属的4种白粉菌进行ITS序列克隆,已成功克隆出白粉菌的ITS序列包括内转录间隔区ITS和ITS2、部分8S rDNA、全部58S rDNA序列及部分28S rDNA序列。通过序列对比分析发现,部分8S rDNA、全部58S rDNA序列和部分28S rDNA序列核糖体编码区非常保守,适合亲缘关系较远的类群分析[6],而ITS和ITS2变化较大,可用于亲缘关系较近类群的分析。基于ITS序列比对,利用MEGA 60对4种白粉菌进行系统发育分析和进化树的构建,内蒙古自治区4种白粉菌种属间亲缘关系的结果与传统的形态学分类结果相一致,这表明ITS序列可用于白粉菌属内和属间的亲缘关系和分类分析。
本研究获得了一种通过扩增ITS序列进行亲缘关系和分类分析快速而有效的方法,这为内蒙古自治区白粉菌分子系统学的研究和植物白粉病的防治,提供了理论参考和相关依据。
[HS2][HT85H]参考文献:[HT8SS]
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