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内蒙古4种白粉菌的ITS序列分析(2)

人气指数: 发布时间:2015-04-03 10:23  来源:http://www.zgqkk.com  作者: 文静等
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  6CR产物的克隆及序列测定
  CR产物的回收与纯化参照TaKaRa DNA Fragment urification Kit试剂盒说明进行,并与 pMD 8-T 载体连接转化于DH5α感受态细胞,用CR法和 XbalⅠ、Hind Ⅲ双酶切法筛选阳性克隆菌株,送大连宝生物生物技术有限公司测序。
  7ITS序列的生物信息学分析
  利用Clustal X程序将4种不同植物白粉病菌的ITS序列匹配排列,用MEGA 60软件对序列进行比对分析,基于kimura-2-parameter双参数模型,采用邻近距离法(N法)构建系统进化树以推演系统发生关系,同时,采用bootstrap法,经000次循环检验系统进化树的可靠性。
  2结果与分析
  2CR扩增结果
  [2]由图、图2可见,采用真菌通用引物ITS5和ITS6作为外引物,ITS和ITS4作为内引物,对4种白粉菌基因组DNA进行扩增,均得到600 bp左右的DNA片段。测序结果表明,该片段包括了完整的核糖体内转录间隔区ITS和ITS2序列、部分8S rDNA、全部58S rDNA序列及部分28S rDNA序列。
  22白粉病菌ITS序列分析和进化树的构建
  将已测得的序列去掉5′和3′端的载体序列,得到4种白粉菌的ITS序列,用Clustal X软件中Alignment程序对ITS序列进行多重比对,结果由表、图3可见,4种白粉菌部分8 S rDNA、全部58 S rDNA序列和部分28 S rDNA序列非常保守,而内转录间隔区ITS和ITS2序列变化较大。基于ITS序列,利用MEGA 60对4种白粉菌进行系统发育分析和进化树的构建,由图4可见,4种白粉菌形成3个进化距离较远的大分支;寄生在豌豆(CFSZ 559)和田旋花(CFSZ7249)上的白粉菌遗传距离较小,亲缘关系较近,其ITS序列紧密聚在支;寄生在紫花苜蓿(CFSZ7253)上的托罗斯内丝白粉菌和寄生在山桃(CFSZ7257)上的三指单囊白粉菌各自成支,ITS序列分析结果与其在形态学上的分类结果相一致。
  3结论
  本研究对来自于内蒙古自治区不同属的4种白粉菌进行ITS序列克隆,已成功克隆出白粉菌的ITS序列包括内转录间隔区ITS和ITS2、部分8S rDNA、全部58S rDNA序列及部分28S rDNA序列。通过序列对比分析发现,部分8S rDNA、全部58S rDNA序列和部分28S rDNA序列核糖体编码区非常保守,适合亲缘关系较远的类群分析[6],而ITS和ITS2变化较大,可用于亲缘关系较近类群的分析。基于ITS序列比对,利用MEGA 60对4种白粉菌进行系统发育分析和进化树的构建,内蒙古自治区4种白粉菌种属间亲缘关系的结果与传统的形态学分类结果相一致,这表明ITS序列可用于白粉菌属内和属间的亲缘关系和分类分析。
  本研究获得了一种通过扩增ITS序列进行亲缘关系和分类分析快速而有效的方法,这为内蒙古自治区白粉菌分子系统学的研究和植物白粉病的防治,提供了理论参考和相关依据。
  [HS2][HT85H]参考文献:[HT8SS]
  [ZK(#]Braun U,Cook R A Taxonomic manual of the erysiphales(powdery mildews)[M] Utrecht:CBS-KNAW Fungal Biodiversity Centre,202:-707
  [2]Amano K Host range and geographical distribution of the powdery mildew fungi [M]2nd ed Tokyo:apan Scientific Societies ress,986
  [3]刘铁志 内蒙古白粉菌志[M] 呼和浩特:内蒙古科学技术出版社,200:-322
  [4]Takamatsu S,Limkaisang S,Braun U hylogenetic relationships and generic affinity of Uncinula septata inferred from nuclear rDNA sequences Mycoscience,2005,46():9-6
  [5][2]Hirata T,Takamatsu S Nucleotide sequence diversity of rDNA internal transcribed spacers extracted from conidia and cleistothecia of several powdery mildew fungi Mycoscience,996,37(3):283-288
  [6]Bruns T D,White T ,Taylor W Fungal molecular systematics Annual Review of Ecology and Systematics,99,22:525-564

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