关于农民组织化发展的困境，学者们也进行了广泛的探索。主要集中在农民自身素质和政府政策两个方面，且以政府政策方面探讨居多。
　　于亚文（2004）认为，农民的文化技术、思想素质差，家庭联产承包经营制度以及缺乏政府及时引导和强有力的物质、制度支持是造成农民组织化发展困境的主观和客观因素[39]。汪力斌等（2005）指出，农民经济理性的驱使加重了农村资金市场和生产资料市场不稳定，国家多头参与、资金分散、支持无力以及外部缺乏有利的制度环境、内部缺乏有效的制度约束是农民组织化发展中的主要问题[40]。郭荣军（2007）认为，农民政治意识淡薄和农民经济利益短视构成农民组织化发展的困境，而政府职能转变不到位则使农民组织化发展缺少发展空间，法制建设滞后使农民组织化发展缺乏法律支持[41]。宋启超（2007）把农民组织化发展困境归咎为全能政府在农村行政和经济方面的过度管制、行政管理上的地区分割、农村户籍和农民身份的城乡二元结构、土地经营体制以及农民科学文化知识水平不高、民主法制意识弱等[42]。赵泉民（2005）认为，农民个人缺乏独立的"经济人格"和其市场主体地位的残缺已日益成为农民组织化发展的根本性阻抑因素[43]。王桂林、师继锋（2006）认为，现阶段政府占据有收益的涉农领域导致农民从组织化中获取的利益有限，而政府未明确农民组织的法律地位降低了农民的组织积极性，政府缺乏贷款、税收等优惠政策使农民组织发展很艰难。此外，农民群体中缺乏有组织才能的知识分子、企业家等优秀人才也是其发展障碍。
　　针对农民组织化发展面临的诸多困境，学者们提出了一系列对策建议。普遍认为，推动农民组织化发展，必须尊重农民意愿以维护农民根本利益，发展农村教育，确立农民的市场主体地位。除此之外，政府应加大政策扶持力度，确立农民组织的合法性，减少行政干预，确保农民自发、自主组建种类和形式更多的农民组织。
　　六、研究发现与展望
　　本文主要以农民组织化的相关研究文献作为研究对象，通过对相关文献的梳理，可以发现，相关研究集中在农民组织化的概念与必要性、农民组织化发展的动力机制、农民组织化发展的载体、农民组织化发展模式以及农民组织化发展的困境与对策等五个方面。有关农民组织化发展的研究实现了知识的积累和认识的提升，在一些方面形成共识，在另一方面仍存在分歧和争论。
　　1.研究发现。
　　（1）尽管有关农民组织化的定义仍然存在一定的分歧，但农民组织化的必要性已成为学界共识。即在农业市场化条件下，作为农业经营主体的农民必须组织起来，才能适应市场发展的需要。农民组织化可以改变农民家庭经营以来的原子化、分散化的社会生活和经济生活状态，符合农业市场化和农业产业化发展的要求，也为农民的利益维护和表达提供了秩序性的组织路径。
　　（2）在农民组织化的动力机制问题上，单纯的市场机制和政府机制均存在问题，为了克服两种机制的弊端，必须结合市场与政府两种机制，即在农民组织化发展中，既要发挥市场机制的基础性作用，也要引入政府力量，以促进农民组织化的快速发展。
　　（3）关于农民组织化的载体，存在着农民专业合作经济组织、村民委员会和农会三种不同观点，反映了学者们对农民组织化发展的不同现实关切。从目前农民组织化的发展趋势来看，农民专业合作组织无疑是农民组织化发展的主要载体。但是必须看到，农民经济合作组织仍然不是农民组织化发展最终目标。从组织的复杂性、适应性、自主性等衡量组织制度化程度的要素来看，促进农民组织化朝着更加复杂的、功能多样的、自主的方向发展，农会将成为未来农民组织化发展的方向，需要进一步加强理论研究和实践观察。
　　（4）关于农民组织化发展模式，在实践中比较流行的是龙头企业推动模式和经纪人模式。但是需要注意的是，农民组织化和农业组织化是两个不同的概念。现代农业发展需要实现农业的横向一体化和纵向一体化，农业组织化可以促进农民组织化发展，但其本身并不等于农民组织化。
　　2.研究展望。
　　（1）关于如何创新农民组织形式，扩大现有农民组织规模的问题。积极探索新的农民组织形式，这不仅是一个经济问题，更是政治和社会问题。不同领域、不同农民组织的相互联系和整合问题，以及农民组织化及其程序设计对于乡村秩序的构建和乡村社会的治理将是以后研究的一个重点。
　　（2）关于农民组织化的主体问题。农民是农民组织化的主体，而现实情况往往是，地方政府和农村基层组织往往利用其强势地位"组织农民"，以行政手段推动农民组织化。这种做法虽然能够快速推动农民组织化发展进程，但也不可避免地使农民"被组织化"以及农民组织"行政化"。如何界定农民组织化发展中的政府作用，建构农村场域的政社关系，使农民组织摆脱"行政化"的宿命和趋势值得进一步探索。
　　（3）关于农民组织化与农业产业化发展要求相适应的问题。农业产业化是现代农业发展的根本出路，农民组织化归根到底是为了保障农民的经济和政治权益，二者可达到良性互动。但是，农民组织化发展明显滞后于农业产业化的发展要求，在公司（龙头企业）+农民组织这种主要的农业产业化发展模式中，农民组织体系不完备导致农民组织化力量十分薄弱，二者未形成真正的利益共同体，关系比较脆弱，容易出现分离或不合作行为，这个问题亟待解决。

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