高等教育综合改革的总目标是推进大学治理结构和治理能力现代化，建立现代大学制度。大学治理的核心内容是参与性，即各利益相关者参与大学重大事项的决策。现代大学治理是依据并通过章程的治理，大学章程是大学自主办学的基本法、学术自由的保障书、师生权利的守护者。作为现代大学制度的主要载体，大学章程是形式，大学治理是内容。建立中国特色现代大学制度，必须推进依法治校进程，完善以章程为核心的制度体系。推进中国大学治理结构和治理能力现代化需要实现三大转变。
　　一、大学外部治理：由政事一体化向政事分开转变
　　改革开放后，国家进行了一系列的体制改革。《中共中央关于教育体制改革的决定》(1985年）明确提出："增强学校的办学活力，扩大学校办学自主权"。《中华人民共和国教育法》（1995年）、《中华人民共和国高等教育法》（1998年）则明确了公办大学的法人地位。然而，在实践中，"行政事业一体化"的格局没有根本改变。随着市场经济体制的确立，重构高等教育公共治理结构再次被提上曰程。十八大报告明确提出，要将政府作为管理者、举办者与公办大学作为独立法人的行为进行区分，逐步取消实际存在的行政级别和行政化管理模式，大力培育第三方评估机构，推进政校分开、管办分离。
　　政事分开的核心是落实和扩大学校办学自主权，引人"负面清单"管理模式是实现大学自主性的终极解决方案。负面清单管理模式是指政府在管理大学时拟定权力清单，从而为政府的管理行为划定边界。凡是列人权力清单的事项，政府必须严格执法;凡是权力清单以外的事项，大学可以自主决定，政府不得直接干预。负面清单管理模式同时也为大学自主办学划定了边界。值得指出的是，权力清单以外的事项，政府不直接干预并不意味着大学行为不受任何监督。事实上，第三方评估机构可以对权力清单以外的事项进行公平有效的评估与监督。实行负面清单管理模式需要相关的制度支撑，负面清单管理意味着权力清单之外的众多领域将由核准制转为备案制。然而中国法律并没有对"行政备案"做出明确规定，"备案"常常与"行政许可"、"行政确认"等混为一谈。没有完善的行政备案制度，负面清单管理模式将会虚置。没有权力清单的公开，负面清单管理模式也无法实施。实行负面清单管理模式意味着大学办学自主权空前扩大，基于分权与问责相结合的原则，必须完善相关的制度。
　　二、大学内部治理：由横向分权向纵向分权转变
　　大学起源于中世纪的行会组织，发展到19世纪，大学实行学会治理模式，此时大学组织内部利益相关者主要有三类：行政人员群体、教师群体和学生群体，大学权力最初就在这三个群体之间分配，这就是横向的分权。在20世纪20年代，随着大学规模的扩大以及科学管理运动的兴起，现代科层制被引人大学，并逐渐取得主导地位。二战后，随着高等教育的大众化，大学规模急剧扩大，管理的复杂性成倍增加。加之学科知识的快速发展和不断分化，教师不愿意兼职从事管理工作，更多的管理功能分化出来，让位于专业管理人员，科层管理在大学组织中进一步扩大与发展，推动了大学管理的职业化和专业化。现代大学中两类管理系统并存的格局自此最终形成：一种是新介人的"以行政管理系统"为基础的科层管理模式；一种是传统的"以院系学术管理"为基础的专业组织管理模式，由此形成了美国学者伯顿o克拉克所谓的学科和院系矩阵结构。如何让这两类组织各司其职、各尽所能、和平相处，是现代大学治理的挑战之一。为了应对这一挑战，英美国家的大学普遍采用两院制治理模式。所谓两院制治理模式，就是大学的最高决策机构有两个，一个是大学董事会，一个是大学评议会;前者负责大学财政事务的决策，后者负责大学学术事务的决策。这种治理模式是一种"横向分权"的制度安排，强调大学权力在各相关群体之间分配，其核心是学术权力与行政权力的分立。20世纪80年代后，西方发达国家的高等教育进人普及化阶段，高教规模巨大，政府和社会支持高等教育的力度不断下降，大学经费负担从以政府和社会为主转向以学校、学生为主。学生买方市场由此形成，生源竞争激烈。在这种背景下，西方兴起了新公共管理运动，市场机制被引人高等教育领域，科层制度和管理专业化在大学占统治地位，传统的学术管理领域进一步萎缩。随之而来，学术人员失去了学校层面的控制权，转向守护基层学术组织的控制权。事实上，学术人员在基层学术组织依然拥有足够大的权力。也正是在这个意义上，伯顿o克拉指出大学组织的特点是底部沉重。由此可见，学术与行政的权力关系正由横向分权演变为纵向分权，大学治理要处理的主要矛盾也由横向的"组群间的权力冲突"演变为纵向的"学校与基层学术组织的权力冲突"，基层学术组织自治问题日益凸显。

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