动物皮张基因组DNA三种提取方法比较
摘要:以干燥的驴皮张样品为试验材料,将SDS-蛋白酶K法与Chelex-100法相结合,创新性地引入玻璃奶DNA纯化技术,提取全基因组DNA,并将此方法与前人发表的陈旧皮张DNA提取方法和试剂盒提取方法进行比较分析。结果表明,本研究发明方法提取的基因组DNA纯度较高,杂质较少,且操作简单,所用试剂、仪器费用较低,能更好地应用于分子生物学实验。
关键词:动物皮张;DNA提取;玻璃奶
DNA为分子生物学研究的基础,随着生物领域尤其是遗传学方面研究的日渐深入,从分子水平上对动物进行物种鉴定、物种起源和多样性评估及其亲缘关系研究已获得广泛应用。20世纪80年代就已开始动物皮张标本DNA提取的研究,尽管提取成功的报道很多,但提取的基因组DNA含量较低,片段较短,且难以进行PCR扩增;提取方法虽然不断改善,但得到的DNA质量仍旧不是很高。
当前皮张源性鉴定方法滞后,国内外仍然没有统一的技术标准和较成熟的鉴别方法,传统的宏观观察法、显微镜观察法具有一定的主观性,无法准确和快速地区分皮张源性。随着分子生物学技术的发展,基于DNA的生物学鉴定手段逐渐丰富起来。DNA分子鉴定法主要是利用显示生物特征的各生物物种所具有的不同DNA序列信息进行源性鉴别,它可以突破依据动物纤维结构形态进行鉴定的局限性,与传统分析方法相比,更加客观和准确。因此,获得高质量的动物皮张基因组DNA已成为进行皮张源性鉴定研究的迫切要求。
本试验以SDS法为基础,将蛋白酶K、Chelex-100与GlassMilkDNA提取技术相结合,并将此方法与前人发表的陈旧皮张DNA提取新方法和DNA提取试剂盒法进行比较分析,旨在研建一种操作简便、DNA提取效率高、花费较为低廉的优化方法,为后续分子生物学实验提供必要条件。
1材料与方法
1.1试验材料
9份干燥的驴皮样品,分别编号为1~9。每份样品平均分为三份,分别用于A、B、C三种方法。材料由山东省农业科学院生物技术研究中心测序中心提供。
1.2试验试剂
(1)消化缓冲液A(10mmol/LTris-HCl,25mmol/LEDTA,100mmol/LNaCl,0.5%SDS,pH8.0)、Chelex-100、20mg/mL蛋白酶K、氯仿、GlassMilk、DNABindingBuffer、70%酒精、无水乙醇、TE缓冲液、超纯水。
(2)消化缓冲液B(10mmol/LTris-HCl,0.5%SDS,1mmol/LCaCl2,0.2mg/mL蛋白酶K,pH8.0)、1μmol/LEDTA、10%Chelex溶液、酚、氯仿、异戊醇、3mol/LNaAc、无水乙醇、75%酒精、TE缓冲液、超纯水。
(3)DNA提取试剂盒(E.Z.N.A.TissueDNAKit)。
(4)HiFiBuffer:TransTaqDNAPolymoraseHighFidelity购自北京全式金生物技术有限公司。
1.3试验方法
1.3.1基因组DNA提取方法A:取约30mg驴皮样品研磨至微粒,分别装到编号为A1~A9的2mLEP管中,加1mL去离子水洗涤2次;加入400μL消化缓冲液A以及380μL5%的Chel-ex-100和20μL20mg/mL的蛋白酶K,50~600C水浴保温,期间搅拌混匀,至全部溶解;取出冷却至室温,振荡5~10s,100℃沸水浴8min;结束后取出样品,10000r/min离心1min,取上清转至新的EP管(记录上清体积),加等体积氯仿,充分混匀,12000r/min离心5min,重复此步骤两次;向收集液中加入5μLGlassMilk,并加600μLDNABindingBuffer.充分混匀,65℃水浴15min;后室温放置5min,8000r/min离心1min,弃上清;加入70%酒精500μL进行洗涤,8000r/min离心1min,重复此步骤两次;加入500μL无水乙醇,吹打悬浮,8000r/min离心1min,弃上清;8000r/min离心30s,用10μL枪头吸走残余液体,室温干燥10min;加入50μLTE缓冲液(pH7.0),70℃水浴5min,快速离心,移至新离心管,-200C保存。
方法B参考陈旧皮张DNA提取新方法[12]。
方法C参考DNA提取试剂盒(E.Z.N.A.TissueDNAKit)。
1.3.2基因组DNA检测(1)紫外分光光度计检测:每份DNA样品分别取2μL测定其浓度及A260和A280。每个样品做三个生物学重复,取均值。
(2)琼脂糖凝胶电泳检测:配置2.0%的琼脂糖凝胶,取1×LoadingBuffer10μL,加入2μL基因组DNA样品,混合均匀后加入点样孔中,同时加入DNAMarker,180V电泳10min。电泳结束后,利用凝胶成像仪进行拍摄,保存图像,根据样品的条带亮度、整齐度及位置,粗略估计其纯度及片段大小。
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