动物皮张基因组DNA三种提取方法比较(2)
(3)PCR扩增检测:根据驴线粒体基因组(16SrRNA)细胞色素b特异序列,利用PrimerPremier5.0设计PCR引物,上游引物MtUF:5'-ATAAGACGAGAAGACCCTATCCAGC-3',下游引物MtUR:5-ACCAITITCTGITCTCCGAGGTCAC-3',扩增目的片段250bp。在扩增之前分别将三种方法提取的共27份基因组DNA稀释到100ng/yL待用。PCR反应总体积为25μL,其中ExTaq聚合酶0.2μL,HiFiBuffer2.5μL,dNTP2.0μL,上游引物1.0μL,下游引物1.0μL,模板2.0μL,ddH2016.3μL。
2结果与分析
2.1三种方法提取的基因组DNA紫外分光光度计检测
由表1可知,A、B、C三种方法获得的DNA质量在A260和A280值上有明显区别,B方法的A260值最高达100以上,A280值最高也达到50以上;C方法虽然A260和A280值比B方法稍低,但总体上数值仍然偏高。原因可能是B和C两方法提取的DNA纯度不高,含有较多苯酚、盐酸胍、聚乙二醇等杂质。过多的杂质污染进而导致样品浓度过高,两方法获得DNA浓度均大于500ng/μL,远高于方法A的DNA浓度。利用方法A提取的DNA浓度范围为74.8~177.5ng/μL,A260/A280在2.0左右,虽仍有部分RNA污染,但DNA纯度相对B、C两方法要好。
2.2三种方法提取的基因组DNA琼脂糖凝胶电泳分析
从琼脂糖凝胶电泳图可以看出,三种方法均可从驴皮张中提取出基因组DNA,但获得的DNA量有显著差别。其中A方法的基因组DNA琼脂糖凝胶电泳图条带最弱,出现拖带现象,提取量最少(图1);B方法的基因组DNA提取量相对A方法稍多,但DNA降解较为严重,且杂质较多,不够纯净(图2);C方法的基因组DNA提取量相对于A、B两方法最多,条带最为明亮,提取效果最好,但存在降解现象及RNA等杂质污染(图3)。
2.3三种方法提取的基因组DNA的PCR扩增检测
以三种方法提取的基因组DNA为模板,设计合成的引物扩增目的片段。由图4~6可知,三种方法均能很好地进行目的片段的扩增,且条带清晰,带型整齐,说明三种方法均能从干燥的驴皮张中提取较好质量的基因组DNA,且都能够应用于后续的分子生物学实验。
3结论与讨论
玻璃奶是一种特殊制备的以二氧化硅作为悬浮物的水溶液,具备快速、定量、特异性结合DNA的能力,可以取代有毒的有机物苯酚、氯仿等用于分离和纯化DNA。在高盐溶液中,核酸是不溶的,可被吸附至玻璃基质上,而蛋白质在高盐溶液中是高度溶解的,脂类物质悬浮于溶液表面,从而起到纯化分离DNA的作用。将二氧化硅用于DNA的纯化最早见于Engelstein等的报道,他们采用此法纯化出了测序级的模板DNA。该法不仅杜绝了如酚、氯仿等对身体有毒害药品的使用,而且可达到高效、快速、批量提取DNA的目的,具有经济、实用、高效、无毒的特点。本研究利用SDS-蛋白酶K结合Chelex-100法提取动物皮张中的微量DNA,能获取较高浓度的DNA,进一步利用玻璃奶DNA纯化技术能显著去除残留的蛋白和金属离子等污染,显著提高了DNA纯度。
将本研究使用Chelex-100结合玻璃奶提取驴皮张全基因组DNA的方法与前人报道方法和试剂盒法提取所得基因组DNA分别利用紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳以及PCR扩增技术进行评估,综合分析可知,A方法所提基因组DNA虽然量较少但纯度较高,电泳均能显示出条带,并且能够很好地扩增目的片段,满足分子生物学实验要求,此外,所用试剂、仪器费用较低且操作较为简单,耗时14小时,相对B方法时间较短。B方法获取的基因组DNA浓度较高,也能用于PCR扩增目的条带,虽然操作以及仪器试剂和A方法相似,但基因组DNA电泳条带及吸光值显示其存在蛋白质、RNA以及其他杂质污染,且电泳条带也不是很整齐,耗时20小时,时间相对较长。C方法所提基因组DNA浓度居中,条带清晰整齐,能很好地进行目的片段PCR扩增,但从其吸光值来看,可能存在较多的酚、聚乙二醇、盐酸胍等杂质污染,且试剂盒价格相对较为昂贵。
综上所述,本研究三种方法均可用于干燥动物皮张基因组DNA的提取,通过对比分析,方法A即本研究发明的SDS-蛋白酶K结合Chelex-100法和玻璃奶纯化技术提取获得的基因组DNA纯度较高,杂质较少,且操作简单,所用仪器、试剂均价格低廉,相对于方法B和C能更好地应用于分子生物学实验。
期刊库(http://www.zgqkk.com),是一个专门从事期刊推广、投稿辅导的网站。
本站提供如何投稿辅导,寻求投稿辅导合作,快速投稿辅导,投稿辅导格式指导等解决方案:省级投稿辅导/国家级投稿辅导/核心期刊投稿辅导//职称投稿辅导。
【免责声明】本文仅代表作者本人观点,与投稿辅导_期刊发表_中国期刊库专业期刊网站无关。投稿辅导_期刊发表_中国期刊库专业期刊网站站对文中陈述、观点判断保持中立,不对所包含内容的准确性、可靠性或完整性提供任何明示或暗示的保证。请读者仅作参考,并请自行承担全部责任。
投稿辅导服务咨询与期刊合作加盟
陆老师联系QQ:
蒋老师联系QQ:
刘老师联系QQ:
联系电话:18015016272
17327192284
投稿辅导投稿邮箱:zgqkk365@126.com
期刊推荐
- 《校园英语》旬刊 省级 教育类学术期刊
- 《吉林教育》旬刊 省级 教育类学术期刊
- 《文教资料》 旬刊 省级
- 《科技风》半月刊 省级 科技类优秀期刊
- 《价值工程》旬刊 国家级 科技统计源期刊
- 《中国实验方剂学杂志》 半月刊 北大核心
- 《电影评介》半月刊 14版北大核心
- 《社科纵横》季刊 社科类优秀期刊
- 《求索》月刊 14版北大核心期刊
- 《中华建设》月刊 国家级 建设类优秀期刊
- 《继续教育研究》月刊 北大核心期刊
- 《网络空间安全》(信息安全与技术)月刊 国
- 《新闻传播》月刊 省级 新闻类优秀期刊
- 《财会月刊》旬刊 14版北大核心
- 《体育文化导刊》月刊 体育类双核心期刊
- 《机械研究与应用》双月刊 省级 机械应用类
- 《公路交通科技》 月刊 北大核心
- 《教学与管理》旬刊 北大核心
- 《新课程研究》旬刊 省级 教育类优秀学术期
- 《中国医药指南》 旬刊 国家级
- 《高教论坛》 月刊 省级
- 《课程教育研究》 旬刊 国家级
- 《语文建设》 旬刊 14版北大核心
- 《教育发展研究》 半月刊 双核心
- 《学术界》 月刊 双核心


