新型产琼胶酶海洋细菌的筛选和鉴定(3)
将扩增得到的16S rRNA基因片段电泳检测, 测得其序列长度为1 458 bp。经BLASTn软件序列分析, 结果表明细菌ZGR-26 (KF612972)与食琼胶弧菌(V. agarivorans)同源性最高(表3)。从GenBank中选取和菌株ZGR-26同源性较高的8株菌株的16S rRNA基因序列构建系统发育进化树, 结果显示,ZGR-26的遗传进化距离与食琼胶弧菌(V. agarivorans)最近, 并在同一分支中,而与此前发现较多的噬琼胶菌(Agarivorans albus)进化距离较远,不在同一进化分支中(图3)。根据菌株的形态学特征、生理生化特征和16S rRNA基因序列分析, 初步鉴定细菌ZGR-26为食琼胶弧菌(V. agarivorans)。
3 讨论
国内外对于能降解琼胶的海洋细菌的研究主要集中在噬琼胶菌(Agarivorans albus)上,其中从荣螺肠道中分离得到的噬琼胶菌株琼胶酶基因已经被测定出来,并在宿主大肠杆菌中得到成功表达[14]。本试验从石花菜中筛选得到了30株菌株的琼胶酶活力,其中菌株ZGR-26酶活力达到32.1。经16S rRNA基因序列分析表明,与已报道有明显降解琼脂能力的噬琼胶菌(Agarivorans albus)进化距离较远,而与食琼胶弧菌(V. agarivorans)最为接近。菌株生理生化特征结果表明ZGR-26除了在利用蔗糖能力上与食琼胶弧菌有所差别,其他特征基本一致,可以确定ZGR-26为食琼胶弧菌(V. agarivorans)。此类琼胶降解菌国内首次发现,国外仅Macisn等[15]从大西洋海水及蚌类中分离出食琼胶弧菌(V. agarivorans),这为微生物生态多样性研究奠定了基础,这也为生物制备琼胶寡糖提供了更为广泛的研究材料,为大量制备高纯度的低聚糖创造条件,在寡糖的基础及应用研究方面提供技术支撑,以及为海洋寡糖类创新药物的研究开发以及其相关产业的发展奠定理论基础,对推动糖生物学和化学研究的深入开展具有重要意义。
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