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依赖解旋酶DNA等温扩增技术的研究进展

人气指数: 发布时间:2015-05-22 11:27  来源:http://www.zgqkk.com  作者: 贾辉等
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  摘 要:依赖解旋酶DNA等温扩增技术(HDA)是近年来发明的一种新型的模拟动物体内DNA复制的等温扩增技术,HDA具有简便、高效、快速的优点,不需复杂的科学仪器,反应在常温下进行,适用于基层实验室,具有广阔的应用前景。
  关键词:依赖解旋酶DNA等温扩增技术;DNA解旋酶;单链DNA结合蛋白
  依赖解旋酶DNA等温扩增技术(HDA),是美国NEB公司在2004年发明的核酸等温扩增技术。依赖解旋酶DNA等温扩增技术是模拟动物体内DNA复制的过程,不需要在昂贵的PCR仪上进行反应,仅在恒温水浴锅上使用即可完成反应。
  1 HDA 的原理
  HDA的原理极其简单,首先用解旋酶解开双链DNA,然后依靠单链DNA结合蛋白(SSB)与模板单链相结合,使模板单链始终处于单链状态,同时保护它的完整性,然后模板与引物进行杂交,在DNA聚合酶的催化下进行扩增,新合成的双链DNA作为模板继续扩增。
  2 HDA检测方法的建立要点
  2.1 模板的选择
  一般情况下,解旋酶的解旋能力决定着可扩增序列长度。HDA选用的是大肠杆菌解旋酶Ⅱ(UvrD)解旋酶,UvrD的解链速度是20bp/秒,连续性是100bp,因此进行扩增的模板长度为70~120bp。
  2.2 酶的选择
  目前常用的解旋酶是大肠杆菌解旋酶Ⅱ(UvrD),UvrD在核酸的核苷酸的切除修复和错配修复中起到了重要的解旋作用,UvrD是由720个氨基酸组成的,是SF1解旋酶家族一员。还有一种新发现的解旋酶—T7噬菌体基因4编码蛋白,解链速度是300bp/秒,扩增质粒DNA的长度是2.5kb,它的解链速度比UvrD更快,扩增长度更长。目前常用的SSB包括T4噬菌体基因32编码蛋白和RB49噬菌体基因32编码蛋白;常用的DNA聚合酶是Bst DNA聚合酶或者是Klenow Fragment(3′-5′exo-)聚合酶。
  2.3 引物设计
  引物的最适长度是25~27bp,最大不超过33bp,Tm值在60~72℃,GC含量35%~44%。
  3 HDA的反应体系及操作步骤
  3.1 HDA的反应体系
  HDA反应体系包括混合物A和混合物B,混合物A包括引物、模板、ddH2O、缓冲液;混合物B包括SSB、UvrD、三磷酸脱氧核糖核苷、DNA聚合酶、MutL和缓冲液。
  3.2 HDA的操作程序
  HDA的操作程序有两种做法:两步法和一步法。两步法:混合物A放在95℃水浴加热2分钟;然后在64℃水浴中3分钟退火;加入与混合物A等体积的混合物B,置于60~65℃水浴锅中反应75~90分钟,加入终止反应液结束反应。
  一步法:操作过程比两步法更简单,省去两步法中的第一步,等体积混合混合A、混合物B,放在65℃的水浴锅中进行扩增。

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