同时，规定下列情形不适用招标、拍卖、挂牌出让海域使用权：（1）国务院或国务院主管部门审批、核准的建设项目用海；（2）国防建设项目用海；（3）公益事业或公用基础设施用海；（4）传统赶海区、海洋保护区、争议海域的海域；（5）法律、法规规定的其他情形。
　　其次，应当制定海域使用权出让的具体程序。我国现行法律对海域使用权申请审批程序的规定比较完备，但欠缺招标、拍卖或者挂牌出让海域使用权的具体程序。市场化运作应当遵循公开、公平、公正、竞争有序和诚信的原则，制度不但要保障实体的公正还要保障程序上的公正，防止投标人、竞买人或者中标人、竞得人以及海洋行政主管部门在海域使用权流转过程中的不正当行为的产生。因此，应当制定招标、拍卖、挂牌出让方案和底价的确定等运作环节的具体程序，目的在于减少行政权力对市场的干预，保障海域一级市场更公正、透明地按照市场规则运行。
　　3.建立海域使用权出让合同制度
　　我国《海域法》没有规定海域使用权出让合同制度，有地方法规规定通过招标、拍卖、挂牌方式取得海域使用权的，政府主管部门与中标人或者买受人签订海域使用权出让合同，也有地方法规规定通过审批方式取得海域使用权的，政府主管部门与海域使用人签订海域使用权出让合同。我国有比较完善的土地使用权合同制度，却没有海域使用权出让合同制度，可以借鉴土地使用权出让合同制度构建海域使用权出让合同制度，规定无论是依据哪一种出让方式取得海域使用权，都应当签订海域使用权出让合同来规定双方当事人的权利义务，一方违反合同，另一方可以依据合同要求对方承担违约责任。建立海域使用权出让合同制度的意义在于通过合同这样一种平等的形式明确海域使用权人和政府双方的权利和义务，从而使得海域使用权人能更好地保护自己的权利，实现权利制约权力的法治理念。著名法学家王利明教授也建议规定海域使用权出让合同制度，在合同中明确规定双方当事人的权利义务以及违约责任等问题，使其符合物权的一般规则。
　　（二）海域使用权在平等主体之间的流转
　　海域使用权的巨大经济价值一定是在平等主体之间的流转过程中才能得以体现的，应当在商业和交易的背景下，促进海域使用权价值的最大化。《海域法》只规定了海域使用权转让和继承两种方式，显然仅有此两种方式是不足以满足社会的经济需求的，还应当允许海域使用权以抵押、出租、作价入股等方式流转。应当对海域使用权的转让、出租、继承、作价出资、抵押等不同流转方式，分别就其适用范围、当事人的权利义务等内容作出规定。
　　海域国家的重要资源，我们不但要完善市场运作制度，使其物尽其用，更要加强管理，应当对某些海域的使用权的流转加以禁止和限制，以免有关单位或个人谋取不正当利益，但是，《海域法》没有这方面的规定，可以在法律中规定下列情形下，海域使用权不得出租、转让、作价入股、抵押的情形：（1）未按规定缴纳海域使用金、改变海域用途等违法用海的；（2）公益性用海和公共基础设施用海；（3）权属不清或者权属有争议的；（4）油气及其他海洋矿产资源勘查开采的；（5）军事用海，公务船舶专用码头用海；（6）法律、行政法规规定的其他情形。海域使用权取得时免缴或者减缴海域使用金的，补缴海域使用金后方可出租、转让、出资入股、抵押。
　　（三）海域使用权物权变动模式和登记制度
　　海域使用权是一种物权，其变动须符合法律的明确规定才能发生物权的效力，但是我国法律并没有对其物权变动模式和登记制度作出明确规定，因而需要制定制度加以明确。
　　1.海域使用权转让的物权变动模式
　　鉴于土地物权和海域物权的相似性，笔者认为海域使用权可以与建设用地使用权采取一样的物权变动模式，即债权形式主义，既需要依当事人的意思而成立的转让、抵押等合同，又需要登记，才能发生物权变动的效力。
　　2.海域使用权登记
　　《物权法》并没有明确规定海域使用权的登记效力采取的是何种主义，《海域法》也没有对海域使用权的登记制度作出明确规定，这对于海域使用权流转的交易安全的保障是十分不利的。

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