有限稀释CR法筛选噬菌体cDNA文库目标克隆(3)
25测序结果
将测序得到的TORAI基因序列,运用DNAstar中Seqman进行拼接,在NCBI上载体搜索工具VecScreen去载体,对序列进行核苷酸序列比对,并将序列提交GenBank,GenBank登录号为KF779494。
3结论与讨论
筛选cDNA文库是获取全长目的基因的基本方法之一。从cDNA文库中获得目的全长基因,建立该基因的结构、功能、表达调控等研究体系,是在基因组水平上研究特定生物器官、组织、发育时期基因表达的前提和基础。目前,基于CR法从混合文库中筛选阳性单克隆的方法[9,]越来越受到关注。本试验构建了一种快速筛选噬菌体cDNA文库的方法——有限稀释CR法,与常规CR筛选cDNA文库方法相比,具有操作简便、检测灵敏、筛选快速、经济有效等优点。该方法以特定基因组DNA为探针筛选噬菌体cDNA文库中该基因的全长序列,摆脱了传统噬菌体文库铺板培养、分板洗脱等较为繁琐的操作步骤,只经过2轮CR就可筛选到目的基因,并将目的基因富集到较高水平,整个过程只需4 d时间。利用此项技术,能够快速有效地筛选噬菌体cDNA文库中全长序列基因,在筛选过程中不需要探针标记,降低了成本,提高了安全性,同时也降低了假阳性对试验的干扰。
有限稀释CR法快速筛选噬菌体cDNA文库技术不仅原理简单,具有普遍适用性,而且具有一定的可行性和科学性,可以根据研究需要进行改进。如需要筛选大量已知基因,可在对库液的有限稀释时进行多对引物不同基因的统一筛选,这样使得筛选cDNA文库更加高效;如对于某些在文库中丰度比较低的基因,可以先有限稀释cDNA文库,找到最高的有限稀释倍数再进行培养,提高阳性克隆在稀释菌液中的分布,再按本试验步骤进行2轮有限稀释,可得到目的基因的单克隆。因此,在筛选文库之前,应确定文库中是否含有所要的阳性克隆,对文库进行滴定,再进行有限稀释确定基因的丰度;还可对λ噬菌体cDNA扩增文库进行MASS Excision protocol,将hagemid Excision菌液保存,并利用有限稀释CR法对大量基因进行筛选,达到高效筛选cDNA文库的目的。
目前,λ噬菌体cDNA载体系统构建的cDNA文库包括噬菌体文库和细菌质粒文库,具有装载容量大、灵敏度高、代表性好、质量高、适合长期保存等优点,对于细菌质粒文库,使用有限稀释CR法能够更高效快捷地筛选全长目的基因。
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